Woher genau das Murnau-Werdenfelser Rind stammt und wie seine Entstehungsgeschichte ist, kann nicht mehr eindeutig geklärt werden. Sicher ist nur, dass das Murnau-Werdenfelser eine der ältesten Rinderrassen weltweit ist. Als wahrscheinlich gilt, dass vermutlich in einigen Klöstern Oberbayerns und dem Benediktiner Kloster Ettal bei Garmisch-Partenkirchen, gelbe Tiroler Rinder mit der Einheimischen roten Landrasse gekreuzt wurden. Auch spielte die wirtschaftliche Verbundenheit des Klosters Ettal mit dem Zisterzienserstift Stams in Tirol eine Rolle bei diesen Züchtungen. Das aus der Kreuzung entstandene Murnau-Werdenfelser Rind verfügt über außergewöhnlich harte Klauen, die ihnen in den Gebieten rund um das Murnauer Moor und dem Werdenfelser Land idealen Halt boten. Beide Gegenden sind geprägt von stellenweise sehr feuchten und steilen Weidegründen, in denen sich nur trittsichere Rinder behaupten konnten.
Bei den Bauern war das Murnau-Werdenfelser durch seine genügsame und anspruchslose Art schnell hoch angesehen, so dass es bei einer Viehzählung 1896 in Bayern rund 62.000 Rinder dieser Rasse gab und diese von Garmisch bis Landsberg verbreitet waren.
In den schweren Zugochsen dieser Rasse fanden viele Betriebe ein leistungsstarkes Tier, dass perfekt und scheinbar mühelos, in schwierigem Gelände, seine Arbeit verrichten konnte.
Bis zu seiner Verdrängung durch Traktoren und andere landwirtschaftliche Fahrzeuge, wurde der Murnau-Werdenfelser Ochse in den Bereichen Forstwirtschaft, Ackerbau und Transport eingesetzt.
In Punkto Milchwirtschaft verfügt die Murnau-Werdenfelser Kuh über eine weltweit einmalige Milchprotein Zusammensetzung, da die Milch den höchsten Anteil bei beta-Lactolobulin D und das einmalige Vorkommen von beta-Lactolobulin W besitzt.
Bedenkt man, dass im Laufe der Zeit noch weitere Rassen (z.B. Mürztaler oder Tiere aus der Steiermark und dem Lechtal) eingekreuzt wurden, ist es erstaunlich, dass sich bis in die Gegenwart ein kleiner reinrassiger Bestand halten konnte. Um diese Rinderart zu erhalten gab es seit dem Jahr 1976 verschiedene Maßnahmen und Förderungen Bayerns. Unter anderem wurden beispielsweise verschiedene reinrassige Mutterkuhherden in Schwaiganger und Donaumoos als Genreserve angelegt und das Murnau-Werdenfelser Rind als gefährdete Nutztierrasse eingestuft.
Die Hornspitzen und die Klauen sind von dunkler Färbung. Auch Flotzmaul und Augen sind dunkel, besitzen aber eine helle Umrandung. Bei vereinzelten Tieren lässt sich auch die sogenannte Schnippe finden. Ein unpigmentiertes aufrechtes Dreieck mittig des Flotzmauls. Der Kopf wirkt meist kurz und gedrungen, wobei der Triel (eine von der Kehle bis zur Brust hängende Hautfalte, auch Wamme oder Koder genannt) stark ausgeprägt ist.
Auffällig für diese Rasse ist ein heller Streifen auf dem Rücken. Der sogenannte Aalstrich.
Die Fellfärbung des Murnau-Werdenfelser Rindes hat ein großes Spektrum und reicht von einfarbig stroh- bis dunkelgelb und braunen bis fast schwarzen Tieren.
Ochsen mit einer Widerristhöhe von 138 cm bis 145 cm erreichen ein Gewicht von 850 bis 950 kg, die Kühe werden etwa 128 cm bis 130 cm groß und zwischen 500 kg und 950 kg schwer.