Fische (Pisces), Krebse (Crustacea), Muscheln (Bivalvia)

In den bayerischen Flüssen und Seen sind verschiedene Fischarten mit zahlreichen Unterarten vertreten, wobei es sich dabei zum Großteil um Knochenfische handelt.
Die zahlenmäßig am stärksten vertretenen Arten sind sicherlich die zur Karpfen- und Lachsfamilie gehörenden.

Dazu zählen bei den Karpfenartigen etwa der Aitel, die Barbe, der Bitterling, die Brasse, die Elritze, der Giebel, der Gründling, die Güster, der Hasel, die Laube, die Karausche, die Mairenke, das Moderlieschen, die Rußnase, der Nerfling, der Rapfen, das Rotauge, die Rotfeder, die Schleie, die Schmerle, der Schneider, der Steinbeißer und der Zobel. Bei den Lachsartigen sind es der Aal, die Äsche, die Forellen- und die Saiblingsarten und natürlich der Lachs selber.

Daneben existieren noch Barsche, Hechte, Stichlinge und Welse. Außerdem findet man in den bayerischen Gewässern zwei Krebsarten und vier Muschelarten.